En Costa Rica, no existe una ley que establezca un orden específico de prelación para las deducciones por planilla. Sin embargo, la Procuraduría General de la República ha identificado tres tipos de deducciones que pueden afectar la forma en que se realizan, según su origen legal y voluntario: deducciones obligatorias dispuestas por ley, deducciones obligatorias dispuestas por embargo judicial y deducciones facultativas o convencionales. 

Tipos de Deducciones:

• Deducciones Obligatorias Dispus por Ley:
• Son aquellas que la ley directamente establece que deben ser descontadas del salario del trabajador, como las contribuciones a la CCSS (seguro de salud, invalidez, vejez y muerte), el impuesto sobre la renta, y el fondo de trabajo del Banco Popular.
• Deducciones Obligatorias Dispus por Embargo Judicial:
• Estas deducciones son ordenadas por un tribunal y son, en general, para el pago de pensión alimenticia o para el pago de otras deudas.
• Deducciones Facultativas o Convencionales:
• Son las que el trabajador ha acordado con su empleador o con una tercera parte (ej., cooperativas, asociaciones solidaristas o instituciones de crédito) para que se le desconté un monto de su salario. 

Orden de Aplicación:

• Las deducciones obligatorias dispuestas por ley tienen prioridad sobre las demás, según la Procuraduría General de la República. 
• Las deducciones obligatorias dispuestas por embargo judicial tienen prioridad sobre las deducciones facultativas o convencionales, pero no sobre las que son dispuestas por ley. 
• Dentro de las deducciones facultativas o convencionales, la ley no establece un orden específico, por lo que se puede aplicar el principio de "primero en tiempo, primero en derecho", es decir, se pueden aplicar en orden de solicitud. 

En resumen: El orden de aplicación de las deducciones en Costa Rica se establece según la naturaleza de la deducción y, en algunos casos, por la fecha de solicitud. 

Por otro lado, en sus estructura de gobierno corporativo, establezcan en blanco y negro el orden de las deducciones y eviten contingencias futuras.

Recursos adicionales:

• Dictamen de la Procuraduría General de la República: "Sistema Costarricense de Información Jurídica". 
• Dictamen de la Procuraduría General de la República: "Dictamen : 183 del 02/10/2023 Resumen". y PGR-C-036-2023 del 03 de marzo de 2023
• Documento de la CCSS: "GG-DAGP-1044-2020"
• Ley contra la Usura Crediticia, también conocida como Ley 9859.